В 1990-х — нач. 2000-х гг. на Восточном факультете СПбГУ разрабатывалась научно-исследовательская тема «Роль Русской Православной Церкви в установлении связей России со странами Азии и Африки» (научный руководитель — декан Восточного ф-та СПбГУ, академик РАН М. Н. Боголюбов). В рамках данного направления большое внимание было уделено изучению истории Российских Духовных Миссий на Дальнем Востоке и распространения Православия в указанном регионе. Данное обстоятельство определило то, что именно Восточный факультет совместно с Санкт-Петербургской Православной Духовной Академией стали инициаторами проведения научных конференций «Православие на Дальнем Востоке».

Первая научная конференция «Православие на Дальнем Востоке» состоялась 26-27 февраля 1991 г. Организаторы конференции исходили из того, что именно в 1991 г. исполнилось 275 лет со дня прибытия в Пекин первой Российской Духовной Миссии во главе с архимандритом Илларионом (Лежайским), после чего и начался отсчет истории постоянно действовавших православных миссий на Дальнем Востоке. Конференция начала свою работу в Петровском зале Университета под председательством академика М. Н. Боголюбова, в присутствии ректора ЛГУ С. П. Меркурьева и ректора Санкт-Петербургской Православной Духовной Академии (в то время — ЛДА) протоиерея Владимира Сорокина. Заседания следующего дня проходили в Актовом зале Духовной Академии.

Это было первое в нашей стране после длительного периода времени научное мероприятие, проходившее при участии духовных лиц и светских ученых, посвященное миссионерской деятельности Русской Православной Церкви и распространению Православия в странах Дальнего Востока. Семьдесят пять лет эти страницы истории замалчивались или искажались в научных публикациях. Имена выдающихся православных миссионеров чаще всего упоминались лишь вскользь. Когда же речь шла об их научных трудах (а их значительный вклад в дело развития отечественного востоковедения трудно было умалить), авторы были вынуждены не упоминать их духовный сан, ограничиваясь лишь фамилиями. Первая конференция «Православие на Дальнем Востоке», посвященная 275-летию Российской Духовной Миссии в Китае, стала подлинным прорывом на данном направлении научных исследований. Круг рассмотренных докладчиками вопросов сразу выявил ряд перспективных научных тем: распространение Православия в Китае, история православной общины албазинцев, просветительская деятельность русских миссионеров, научные труды сотрудников Миссии, их дипломатическая деятельность.

Основная тематика докладов 2-й конференции (1994 г.), посвященной памяти святителя Николая Японского (И. Д. Касаткина), в основном касалась истории Православия в Японии. В них рассматривалась история Российской духовной миссии в этой стране, подвижническая деятельность святителя Николая Японского и его научные труды, история Японской Православной Церкви.

3-я конференция (1997 г.) была посвящена памяти святителя Иннокентия (Вениаминова). Темы, представленных на ней докладов охватывали широкий круг вопросов истории и современного состояния Православия в Китае, Японии, Корее, Монголии, на российском Дальнем Востоке, а также в Северной Америке и на Гавайских островах. На 4-й конференции (2000 г.) к уже упомянутым странам прибавилась Австралия.

В работе 5-й научной конференции (2003 г.) приняли участие и выступили с докладами ученые и священнослужители из разных регионов России. В докладах был затронут широкий круг вопросов, связанных с историей распространения и современным положением Православия на Дальнем Востоке и в Азиатско-Тихоокеанском регионе, были представлены новые сведения по истории российских духовных миссий в Китае, Корее и Японии, дана высокая оценка вкладу русских православных миссионеров в дело изучения этнографии, культуры и языков народов Дальнего Востока. Можно с уверенностью сказать, что конференции «Православие на Дальнем Востоке» положили начало становлению в нашей стране нового научного направления – изучения истории Православия в странах Восточной Азии и, прежде всего, в Китае, объединяющего усилия как духовных, так и светских исследователей.

В 1991, 1997, 2001 и 2004 годах в Санкт-Петербурге на основе материалов этих конференций были выпущены четыре сборника научных статей «Православие на Дальнем Востоке».

После 2005 г. в работе конференции стали принимать участие и востоковеды других специализаций. Так, с сообщениями о наследии Порфирия Успенского выступал известный индолог Н. В. Гуров. В 2008-2009 гг. к работе конференции стали активнее подключаться историки-ближневосточники (И. В. Базиленко, Н. Н. Дьяков, Е. И. Зеленев, И. В. Герасимов, А. С. Матвеев и др.). В результате тематически конференция окончательно вышла за пределы Дальнего Востока и приобрела сегодняшний вид, получив более широкое название — «Христианство на Востоке».